赤瓜岛的森林已逐渐形成连片，其自然环境与太平岛相似，尽管存在几处差异。

位于南沙群岛北部的九章群礁，赤瓜岛处于其最南端，控制着南华水道的入口。作为九章群礁的一部分，赤瓜岛东离美济岛公里，西至永暑岛公里，曾是“3.14赤瓜礁海战”的发生地。

赤瓜岛的礁盘占地约11平方公里，陆地面积仅为0.平方公里。尽管赤瓜岛的面积在南沙群岛中排名第14，但其地理位置极为关键，不仅控制着东西方向的南华水道，还监视着九章群礁的20多个岛礁和暗沙。

赤瓜岛的最新卫星图片展示了岛上多年的基础设施建设成果，包括楼房和灯塔的有序排列及高大的树木，使之看起来像一座充满生机的海上新城。

南沙群岛位于热带，这里环境恶劣，高温、高湿和高盐，除了强烈的阳光和礁石外，还频繁遭受暴雨、风暴和台风的侵袭，使得树苗难以生存。特别是新扩建的岛屿，其土壤以珊瑚沙砾为主，含盐量高，对于不耐干旱和盐碱的植物来说几乎无法存活。

在过去没有海水淡化技术之前，岛屿如太平岛、中业岛、北子岛、西月岛和南钥岛等的生态环境相对良好，岛上生长着茂盛的热带树木，并有广阔的海岸林地。岛上的树种主要包括黄檀、海棠木、凤凰木、细叶榄仁、白木莲和鹤望兰等。其中，一些较为高大的树种如椰树、海棠、榄仁和黄檀等，有的树高可达30米。特别是在太平岛，茂密的乔木覆盖成林，形成了所谓的太平岛热带雨林。

赤瓜岛经过填海造陆之后，其土壤主要由珊瑚碎石组成，含盐量高，缺乏淡水资源，这种土质对于大多数普通植物而言是不适宜的。尽管赤瓜岛经历了数个雨季的淋洗，土中的海盐成分仍难以完全去除，且珊瑚碎石不易保水，这对栽培树木提出了更高的要求。因此，对于赤瓜岛的绿化，我国选择的是那些既能耐旱又能抗盐碱的植物种类，如木麻黄、椰子、麻枫桐、印度橡胶树、海檀和棕榈等，这些植物不仅能适应恶劣环境，还有助于固定沙土。

尽管种植了这些树木，但并非所有的树苗都能顺利成活。首先需要从内地运输营养丰富的土壤，并在种植时添加树木移植生根剂和大树移植专用液，通过每日淡水灌溉，90%的树苗可以成功成活。树木移植液主要作用是补充植物所需营养，加速根系恢复和生长，提高植物免疫力，促进快速生根和发芽，避免枝条干枯或死亡。因此，南沙岛屿上树木的存活率相当高。

在赤瓜岛上，以木麻黄为主的棋盘式树林和海岸防风林格外引人注目，木麻黄是南沙岛屿中稀有的高大树种，最高能生长至30米以上；其次是椰子树，高度可达20米以上。木麻黄，也被称为马尾树，是一种常绿大乔木，原生于澳大利亚和太平洋岛屿，我国南部及南海岛屿也有分布。木麻黄由于生长速度快，萌发能力强，并且根系发达，具有耐旱、耐风沙和耐盐碱的特性，是维护热带海岸线防风固沙的理想树种。

有人可能会质疑，赤瓜岛的树种以木麻黄、椰子树、麻枫桐为主是否显得品种过于单一。而位于赤瓜岛北部不远处的太平岛（两岛相距75公里），仅乔木种类就有20种，灌木16种，蔓生植物17种，以及53种草本植物，因而太平岛被誉为南海的植物博物馆。

正如前文所述，这两座岛的地质和土壤条件存在差异，同时也与时间相关。尽管赤瓜岛和太平岛都属于珊瑚岛礁，太平岛是一个天然岛屿，拥有丰富的自然淡水和广泛的植被分布，经过数百万年的自然演变，其植物种类不仅丰富，而且根系发达。赤瓜岛则是经人工扩展形成的岛屿，其自然生态形成的时间相对较短。但随着时间的推移，加上人工的有序管理，赤瓜岛最终也将发展成为像太平岛一样的自然生态岛屿，植物种类也将逐渐增多。